同じような不具合を解消するための情報を書きます。ライブラリの修正で良いそうです。公式リリースを待ってからライブラリ更新が良いかと思いますが、すぐに対応したい方はgithubのリポジトリから手動で更新していただくのが良いそうです。
修正プログラムの所在、URLは下記になります。
m5stack/M5Core2: M5Core2 Arduino Library (github.com)
私の場合、RTC.cppのみの差し替えで解決しました。変更（修正）点はRTC.cpp内にあるWire1.endTransmission()、この引数に「false」を指定しています（変更箇所：4か所のみ。詳細はソースファイルをご確認下さい）。これで今回の不具合は解消されるようです。
M5Stack Core2 RTC不具合”時が秒のようだ問題”の原因：
IC変更の影響（変更前：BM8563 → 変更後：HYM8563S）
※しかし、工場出荷状態に戻しても治らなかった問題は残る（納品時は動作問題なし）
今回、購入元であるSwitchScience様にご協力頂き解決することができました。M5StackCore2のページ冒頭にもRTCに関する注意点等が（今なら）記載されておりますので詳細についてはそちらをご覧ください。
参考ですが、私はVisualStudioCode + PlatformIOを使用しております。
